مجله پژوهشنامه فیزیولوژی ورزشی کاربردی از  سال 1384 با کسب مجوز از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی  تحت عنوان پژوهشنامه علوم ورزشی به صورت فصل نامه با پذیرش مقاله های علوم ورزشی در حیطه های علوم زیستی و علوم انسانی آغاز به کار کرد. اما با توجه به سیاست های ابلاغی جدید وزارت علوم و تحقیقات و فنآوری و بر اساس نظر کمسیون بررسی نشریات علمی وزارت عتف از سال 1388به دو مجله دوفصلنامه "فیزیولوژی ورزشی کاربردی" و "مدیریت ورزشی و رفتار حرکتی" تفکیک و تا کنون به‌طور منظم به‌صورت دو فصلنامه منتشر می شود.پژوهش‌نامة فیزیولوژی ورزشی کاربردی، مقالاتی را منتشر می‌کند که حاصل فعّالیّت‌های‌، پژوهش‌های بنیادی، کاربردی و توسعه‌ای و مروری در حیطة علوم ورزشی است. این مجله براساس نامه شماره  811/11/3 مورخ 1388/05/1 کمیسیون بررسی نشریات علمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری موفق به دریافت مجوز علمی ـ پژوهشی و بر اساس گواهی کتابخانه منطقه ای علوم و تکنولوژی به شماره 31130 مورخ 1390/08/22 در مرکز استنادی علوم جهان اسلام(ISC) نمایه شده و دارای  ضریب تاثیر (If) است.

این مجله  علمی  با توجه به رویکرد نوین انتشاراتی علاوه بر انتشار محدود  به صورت کاغذی با اخذ شاپای الکترونیکی، نسخه  الکترونیکی آن را برای افزایش امکان دسترسی به مخاطبان و ارتباط گسترده‌تر با متخصصان به صورت رایگان و تمام متن در راستای سیاست دسترسی آزاد در پایگاه اطلاعاتی خود قرار داده است.

مجله در ویرایش مقاله ها به ترتیبی که مقتضی بداند با حفظ ساختار کیفی آن؛ ازاد است. درج مطالب این مجله، لزوما منعکس کننده نظر ارکان مجله نیست.  نقل و اقتباس از مطالب مجله با ذکر منبع مجاز است.